ご質問内容の確認です。同一法人内で複数の施設があり、
（１）：委託側医療機関には病理標本を作製する設備がない
（２）：受託側（先生のご施設）で、①からの委託により病理組織標本の作製を行っている
という理解でよいでしょうか？
（１）の場合、多くは「登録衛生検査所」に標本作製を委託いたしますが、病理標本作製は「検体検査の施設共同利用の観点」から「医療機関」でも受託することが可能です（参照：医政総発0710第１号・医政地発0710第２号・令和元年７月10日「病院又は診療所間において検体検査の業務を委託及び受託する場合の留意点について」の一部改正について）。
診療報酬に関しては、
「衛生検査所」に委託した場合でも、「医療機関」に委託した場合でも、ともに「①の医療機関（患者さんがかかっている医療機関）」で、「患者さん」に請求することになります。
逆に、（２）の医療機関には患者さんがかかっているわけではないので、請求することはできません。
（１）の医療機関で患者さん（及び支払基金）からいただいた診療報酬を「（１）と（２）で按分する」ことになります。